Im Süden der Insel befindet sich eines der spektakulärsten Naturwunder, das für seinen Reichtum und sein blaues Wasser bekannt ist. Die "blaue Höhle" von Castellorizo beherbergt Robben, die für Besucher normalerweise unsichtbar sind. Die Höhle ist 35 Meter hoch, 40 Meter breit und die Länge der Höhle im Inneren beträgt 75 Meter. Allerdings ist der Eingang zwischen dem Wasser und dem Felsen so schmal, dass es schwierig ist, nach einer Weile die Höhe zu bestimmen. Die Höhle ist mit weißen Stalaktiten bedeckt, die zu den seltensten geologischen Phänomenen der Erde gehören. Wenn das Sonnenlicht auf die Höhle trifft, nehmen die Stalaktiten einzigartige Farben an und das Wasser färbt sich blau, was jeden Besucher sofort in Erstaunen versetzt. Die beste Zeit für einen Besuch der Höhle ist der Vormittag. Die Höhle kann nur mit dem Boot besichtigt werden, natürlich nur bei schönem Wetter, aber nur kleine Boote können in die Höhle einfahren. Wenn der Wind zunimmt und ein Sturm aufzieht, wird der Eingang geschlossen und die Höhle ist nicht zugänglich. Neben der berühmten blauen Höhle gibt es in Castellorizo vier weitere Höhlen von seltener geologischer Schönheit: Fotsaliki, Colones, die Arnauti-Höhle und Catranzi.